忽必烈征服吐蕃，利用当地盛行的喇嘛教来统治吐蕃人，尊大喇嘛八思巴为帝师、国师，号称大宝法王西方佛子，京师特置宣政院，专管佛教。铁木耳太子德寿死，不鲁罕皇后遣使问胆巴帝师道：“我夫妇虔诚拜佛，只有一子，为什么不能保护？”胆巴道：“佛法像灯笼，能抵御风雨，却不能救灯烛烧尽。德寿太子寿命已了，佛法哪能强救？”胆巴这一说，当然被认为真理。此后喇嘛教更盛，每帝将立，必先谒见帝师，受戒七次，才登大位。人民殴西僧（喇嘛），罪至截手；骂西僧，罪至断舌。西僧任何罪行，不受通常法律制裁。
喇嘛教以外，各派僧、道，都规定特殊待遇的法律。但如私撰经文、犯上惑众，为首人处斩，附从人各按轻重论刑。这就是说，宗教的作用只在欺骗人民，如果违反朝廷利益，那就该坐犯上惑众的重罪。
铁木真出兵攻金，自率大军西征，遣使召栖霞（山东栖霞县）著名全真派道士丘处机往西域。铁木真见处机，大加优待，尊为神仙，全真派道教自此盛行，无形中援助了蒙古攻金军。至元十三年，忽必烈初平江南，召龙虎山道士张宗演（张道陵三十六代孙）至燕京，令朝官郊迎，客礼相待，赐真人名号，命总领江南道教。十八年，从佛教徒奏请，烧道教经典。二十五年，佛教徒又请烧尽道经。忽必烈道：“烧道经不能使道教徒心服，道教自说真人入火不焚、入水不溺，如果试验无效，那时烧毁不晚。”忽必烈令张宗演等推举一人入火试验，宗演等大窘，奏称：“道经实是荒唐骗人书，臣等入火一定烧死，乞恩免试，请烧去道教伪经，使臣等得保性命。”张宗演病死，忽必烈仍令张氏子孙称真人，世袭掌管江南道教职。其他如道士刘德仁创真大道教、萧抱真创太一道教，忽必烈都赐号提倡，让这些教派在民间流传。